1、化肥中不含有機質、腐殖質，因此大量使用化肥，土壤由于有機質和腐殖質缺乏，土壤團粒結構遭到破壞，造成土壤板結，農植物產量下降。

2、化肥利用率低，氮肥因為易揮發(fā)、流失，利用率只有30%-50%。因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。

3、化肥大量使用使蔬菜瓜果品質大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，長期使用化肥必然導致土壤中所含養(yǎng)分趨于單一，易使作物營養(yǎng)失調，從而導致作物內部轉化合成受阻。

4、危害人體健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸鹽含量超標，而亞硝酸鹽與胺類物質結合形成N-亞硝酸基化合物為強致癌物質。

5、化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。

6、化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質的變化及環(huán)境的污染。

7、從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環(huán)。

有機無機復合肥料：

1.有機無機復混肥料中的有機部分的肥效不會很高

2.有機物質是分散的多孔體，會吸收一部分化肥養(yǎng)分。有機無機復混肥料施入土壤后，化肥部分被水溶解，一部分被作物吸收，一部分被有機物吸收，對化肥的供應強度起到一定的緩沖作用。

3.有機無機復混肥料加工過程中化肥采用的是干物料，不含或少含水分，對微生物的活性起抑制作用。這種肥料施入土壤后，水分充足，高濃度的肥料溶液不可能復活加入的微生物，還有-可能將加入的微生物殺死，所以活性有機復混肥和生物有機復混肥的肥效不能肯定。

微生物菌肥的優(yōu)點：　　

1、改良土壤

(1)通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優(yōu)勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動。

(2)快速分解土壤有機物質，促進土壤團粒的形成，且通過有益菌的活動能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調節(jié)。

(3)分解土壤中的農藥殘留，避免殘留農藥對下季作物產生藥害。還對植物生 長過程通過根系排放的有害物質進行分解。

2、固氮、解磷、解鉀功能

能夠部分利用空氣中的氮，通過有益菌生長代謝產生相應的酶和酸，可對土壤中難溶性的磷、鉀肥(土壤中難溶性磷肥占95%，難溶性鉀占98%)進行分解，從而成為植物所能吸收的磷鉀肥。因此能夠大大提高作物對肥料的利用率，從而減少肥料的施用。’

3、提高作物品質。

解磷、解鉀的同時，能夠促使土壤中微量元素的釋放，被作物所利用，同時有益菌代謝產生多種植物所需的物質，如小分子氨基酸、生長刺激物質、維生素等。

4、達到生物防治病害的效果，灌根可抑制土壤中的病菌，噴到葉面，可防止病害的入侵。

5、促進作物早熟和延長采收期。由于土壤理化性質得到改善，土壤養(yǎng)分豐富且平衡，土壤中肥料能夠更好的被作物很好的吸收，因此能夠促進作物早熟和延長采收期。

6、和有機肥配合使用，能夠持續(xù)不斷的改良土壤，2-3年就可使土壤完全達到生產有機作物的標準，且因為有益菌能夠快速分解有機物質為作物吸收，所以克服了有機肥料肥效慢的特點，單施有機肥產量低的特點。

7、生物菌肥不像化肥那樣，一次性將過量的可溶性營養(yǎng)元素帶入土壤，生物菌肥可避免環(huán)境污染，且有益菌不斷的在植物根系周圍不斷的繁殖代謝，持續(xù)地、非過量的向作物提供營養(yǎng)。